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2011年11月3日木曜日

(研) 7ヶ月たちて

昨日失敗したウェスタンブロットのやり直し。そして一昨日、6ウェルプレートにまいた細胞の状態が悪い。別のディッシュで継代しているおんなじ種類の細胞は元気そうなのですが。うーん。
言葉は不適切かもしれませんが、臨床麻酔より難しい。臨床では、ある程度不適切(かもしれない)輸液量や不適切(かもしれない)薬剤投与をしても患者さんの予備力などで一見何事もなかったように術後経過することも多いですが、実験は「適当な経過だと適当な結果しか得られない」。当たり前ですか?当たり前ですね。

実験室に来てからもう7ヶ月も経ってしまいました。まだまだまだまだまだまだまだ分からないことだらけ。というか何が分かっていないかもまだ分かっていません。しかし立ち尽くしていてもしょうがないので、少しずつ少しずつ地道に進めていこう。自分がスロースターターであることを忘れないように。

@以下、過去のものと重複するかもしれないけど、実験態度メモ
・暇をみては自分が行なっている実験のエンドポイントを考える
・実験していてもエンドポイントを意識すること。エンドポイントが見極められたら,そこから逆算して自分に足りないデータが何なのかを考える
・周りの人たちと議論すること
・実験量が足りなければ、実験の結果はついてこなかろう。逆に言えば実験結果はそのうちついてくるだろう(という楽天的な欲望)。
・外部からの批判の耐えうるものかどうかを判別するために,あえて批判的な観点から自分の実験を考察する。他人の論文を読むときも同様
・研究から得られることは兎に角全て受け入れてみよう
・すべての結果には原因がある。

@以下の出典は英辞郎とwikipedia(なのでどれくらい正確な記載なのかわかりません)。少しでも覚えられるように貼っておきます。
・vigorous / víg(ə)rəs : 精力的、元気
・disrupt : バラバラにする
・dissociation : 分離、解離
・aqueous phase : 水相
・vortex / vɔ́ː(r)teks : 渦
・chloroform / klɔ́(ː)rəfɔ̀ː(r)m : クロロホルム
・epidermoid :類上皮
・discard : 捨てる
・quantification : 定量化
・DEPC : diethylpyrocarbonate ジエチルピロカーボネート
 ・RNAを分解する酵素である RNase を失活させるために使う試薬。
 ・DEPC が RNase のヒスチジン残基に対して共有結合修飾を行うことによる。そのため、同様に修飾のターゲットとなるTrisやHEPESバッファには DEPC は使えない。PBS、MOPS には使用可能である。簡単な法則として、反応性のある -O:、-N:、-S: といった残基を持つ酵素や化学物質に対しては、DEPC で RNase フリー処理を行うことはできない。
・DDW : double distilled water 再蒸留水
・DTT : dithiothreitol ジチオトレイトール C4H10O2S2。
 ・空気酸化を受けやすいためDTTは比較的不安定な化合物
 ・強力な低分子酸化還元剤
 ・還元力はpHが7以上の場合に限られる
 ・チオール化したDNAを還元して「脱保護」する
 ・タンパク質のジスルフィド結合を還元し、タンパク質のシステイン残基の間で分子内または分子間のジスルフィド結合が形成されないようにするためによく使われる
・cDNA :complementary「相補的」の頭文字をとって、cDNA と省略される。
 ・mRNA から逆転写酵素を用いた逆転写反応によって合成された DNA。
 ・スプライシング済みの成熟mRNA から cDNA を合成すればイントロンを含まない状態の遺伝子(塩基配列)を知ることができることから、遺伝子のクローニングに広く利用されている。
・Primer : プライマー
 ・ DNAポリメラーゼが DNA を合成する際に 3'OH を供給する役割をもつ短い核酸の断片
 ・DNAポリメラーゼはプライマーなしに DNA を伸長することはできない。
 ・生体内でのDNA複製では主にDNAプライマーゼによって合成される RNA 断片が用いられる。また蛋白質がその機能を果たすこともある。
 ・試験管内でのPCRに使用されるものは、化学合成した短いオリゴヌクレオチド。その長さは通常は20塩基程度だが、目的によってより短いことも長いことも。増幅対象の2本鎖DNAの両鎖それぞれの3'側と相補的な配列をプライマーとして用意する。
・dNTP Mix : is a premixed ready-to-use solution consisting of the following compounds: dATP, dGTP, dCTP and dTTP. The deoxynucleosidetriphosphates are dissolved in water, pH 7.5.
dATP, dCTP, dGTPおよびdTTPのナトリウム塩が各10mM溶解されたプレミックスタイプの水溶液(pH 7.5)50µl反応にdNTP Mix 1µlを添加すると各dNTPの終濃度は200µMになる。
・5x RT Buffer : 反応バッファー、MgCl2、dNTPs などを含んだ5x 濃度の逆転写反応バッファー。溶解時に白濁することがある。ボルテックスミキサー等で激しく攪拌し、完全に溶解させてから使用する

森進一の「さらば友よ」ってすごい歌だ。

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